تتلخص أبرز هذه المشاكل خاصة في ضعف الإنفاق والمخصصات المالية، خاصة أن الدستور المصرى لم يخصص أكثر من 3% من ميزانية الدولة لصالح الصحة، بالإضافة إلى غياب الرقابة على المؤسسات الصحية، وتعدد الهياكل الطبية، والعجز بهيئات التمريض، واحتكار سوق الأدوية والمستشفيات.
كما أن الوحدات الصحية بالمحافظات، أصبحت تعاني نقصا حادا فى جميع المستلزمات الطبيةو الفرق الطبية والشبه طبية ، الأمر الذى يضعف من قدرة المستشفيات الحكومية على القيام بدورها فى تقديم خدمة صحية لائقة، كما يعرض حياة البعض للخطر فى بعض الأحيان.
هناك أيضًا مشكلة تضاف إلى ما سبق، هى زيادة نسبة الأخطاء الطبية مؤخرًا، بشكل جعل من الإقدام على عملية جراحية فى مستشفى حكومي أو حتى خاص جزءًا من مخاطرة يمكن أن تفضى إلى الموت فى بعض الأحيان، إضافة إلى غياب رقابه علي المعمل والصيدليات والعيادات الخاصه دون ترخيص من الوزارة المعنية.
